美国国家医学图书馆始建于 1836 年，当时是美国陆军军医局局长办公室的一小部分医学书籍和期刊藏品。在 1962 年将藏品转移到马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院之前，藏品存放在以下地点：
陆军军医局局长办公室 华盛顿特区市中心各处
美国国家医学图书馆起初规模很小，只是陆军军医办公室的几本书。1836 年，军医办公室的开支估算中出现了第一笔图书馆资金申请——购买医学书籍 150 美元，1840 年，该办公室发布了第一份“图书馆图书目录”。正如历史学家温德姆·迈尔斯 (Wyndham D. Miles) 在其 1982 年的 NLM 历史中所指出的那样，“整个藏书（如 1840 年目录中所列）可以放在一个四层书架上，齐肩高，7 或 8 英尺宽。”尽管在 1836 年至 1861 年担任卫生局局长的托马斯·劳森 (Thomas Lawson) 的领导下，藏书不断增加，但如果接受 1862 年至 1864 年在卫生局局长办公室任职的约瑟夫·J·伍德沃德 (Joseph J. Woodward) 的评价，藏书仍然微不足道且杂乱无章：“在内战后期爆发时，华盛顿没有任何值得称为医学图书馆的东西。
1862 年，卫生局局长图书馆迁至华盛顿特区西北 15 街和宾夕法尼亚街的里格斯银行大楼。该图书馆于 1864 年发行了第一份印刷目录，列出了约 2,100 册书籍。一年后，随着陆军临时内战医院的关闭及其图书馆的合并，卫生局局长办公室意外收获了大量医学书籍和期刊。
1865 年 1 月，陆军召集了 27 岁的外科医生兼书籍爱好者约翰·肖·比林斯中尉负责管理不断增长的藏书。他的任命标志着图书馆发展的转折点。六年内，图书馆藏书量达到 13,000 册，到 1873 年，藏书量达到 25,000 册和 15,000 本小册子。到 1880 年，藏书量翻了一番，达到 50,000 册，小册子量翻了三倍，达到 60,000 本。
比林斯是一位热心的图书收藏家，他写信给医生、图书管理员和编辑，请求他们捐赠书籍，甚至还与国务院官员交谈，要求他们从国外旅行时带回外国医学著作。在 1895 年从军队辞职之前，比林斯已经将藏书变成了世界上最大的医学图书馆，涵盖了几乎所有时代和国家的医学文献。1895 年，图书馆的藏书包括 116,847 本书和 191,598 本小册子。
约翰·肖·比林斯 (John Shaw Billings) 在许多方面帮助规划了当今国家医学图书馆的发展方向。在他任期结束时，在他的鼓励下，书籍和期刊定期借给医生，每年回答数千个参考咨询。
1865 年 4 月 14 日，美国总统亚伯拉罕·林肯在福特剧院观看《我们的美国表亲》演出时遇刺身亡。民众强烈抗议该剧的进一步演出，政府于是接管了剧院，并于次年将其买下，作为陆军医疗记录、博物馆和图书馆的馆藏。图书馆藏书被存放在福特剧院的几年里，索引目录的前八卷问世了。这部巨作于 1880 年推出，是约翰·肖·比林斯 (John Shaw Billings) 的心血结晶，是图书馆日益增多的专著和期刊藏书的作者和主题目录的综合。著名病理学教授、约翰霍普金斯医学院第一任院长威廉·韦尔奇 (William Welch，1850-1934) 称索引目录是美国对 19 世纪医学的最大贡献。
福特剧院时代是卫生局长图书馆急剧发展和变革的时期。雄心勃勃的精神开始萌芽，早在 1871 年，卫生局长约瑟夫·K·巴恩斯和比林斯就开始制定计划，将藏书发展成“国家医学图书馆”。对巴恩斯来说，这意味着图书馆将包含“这个国家出版的每一本医学书籍以及与公共卫生和州医学有关的每一部著作”，用比林斯的话来说，就是“尽可能完整地涵盖与军事组织、医学和相关科学有关的所有出版物”，并将成为“一个通用的参考图书馆”。到目前为止，陆军医生、走上福特剧院三楼的路过的游客以及通过口口相传听说过这个图书馆的人都知道这个图书馆。现在，比林斯开始向美国医学界宣传这个图书馆的存在，并将发展为供所有医生使用。
1879 年，比林斯开始编制第一个综合期刊文章索引，即《医学索引》。该索引的灵感来自他自己的经历：在撰写有关癫痫病的论文时，他对医学文献缺乏主题索引感到沮丧。NLM 的在线数据库 MEDLINE 是该出版物的电子版。MEDLINE 包含可追溯到 20 世纪 50 年代中期的 1400 多万条参考文献。
从 1887 年到 1962 年，美国军医总署图书馆（1922 年正式更名为陆军医学图书馆）与其姊妹机构陆军医学博物馆一起位于比林斯设计的这座三层红砖建筑中。（赫希洪博物馆现在就位于华盛顿广场的原址上。）受比林斯关于成为伟大国家机构的愿景的启发，图书馆开始提供扩展服务以满足卫生专业人员的信息需求。到 19 世纪 80 年代，书籍和期刊定期借给全国各地的医生，随着技术的进步，文献的缩微胶卷和影印也随之出现。在此期间，历史藏品大幅增加，并在第二次世界大战期间运往俄亥俄州克利夫兰保管。图书馆在第七大道和独立大道交汇处时也迈出了计算机时代的第一步，于 1958 年推出了一个机械化出版系统。
1962 年，新的美国国家医学图书馆在 NIH 校园内落成，位于一处前高尔夫球场的林地上。该建筑旨在保护藏品免受可能的冷战威胁，其特色是一英尺厚的石灰岩墙、超过 50 英里的地下书架和一个可折叠的屋顶。计算机时代在这里蓬勃发展，1968 年建立了 Lister Hill 国家生物医学通信中心，20 世纪 70 年代创建了 MEDLINE，1988 年建立了国家生物技术信息中心，1997 年推出了免费的 MEDLINE，1998 年创建了消费者友好的 MedlinePlus，2000 年推出了 ClinicalTrials.gov 和 PubMed Central，还有其他发展。与此同时，藏品数量急剧增加，馆际互借请求的数量也随之增加。NLM 现在与 20 多个国家合作，并将其推广工作扩展到全球消费者和医疗专业人士。
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